Spp что это в микробиологии

Enterobacter spp. (качественный метод)

Описание исследования

Enterobacter spp. – это факультативные анаэробные* грамотрицательные бактерии, составляющие нормальную микрофлору кишечника. Они являются условно-патогенными, т.е. теми, которые при определенных условиях вызывают различные заболевания. Так, попадание Enterobacter spp. в другие органы становится причиной инфекционных заболеваний:

Среди прочих бактерий Enterobacter spp. наиболее часто вызывает внутрибольничные ангиогенных инфекций, инфекций мочевыводящих и дыхательных путей. Это обусловлено их повсеместным распространением и способностью обсеменять медицинское оборудование (в частности катетеры, вводимые в центральные вены), больничные предметы и мебель. По имеющимся данным на долю Enterobacter spp. приходится более 30% случаев развития сепсиса (заражения крови), более 65% случаев бактериального гастроэнтерита, не менее 75% случаев инфицирования мочевыводящих путей.

Данное исследование проводится методом полимеразной цепной реакции (ПЦР), позволяющим обнаружить специфические фрагменты ДНК Enterobacter spp. в тестируемых образцах биоматериала: урогенитальном соскобе, сперме, моче, соскобе буккального эпителия.

Аналитические показатели теста:

Факультативные анаэробные бактерии* – микроорганизмы, жизненный цикл которых может проходить как при отсутствии кислорода, так и при его присутствии. Этим они отличаются от облигатных анаэробов, которые при контакте с кислородом гибнут.

Подготовка к исследованию

Соскоб урогенитальный (цервикальный канал, влагалище, уретра)

Соскобы у женщин отбираются не ранее пятого дня от начала менструального цикла и не позже пятого дня до предполагаемой даты следующей менструации. Если наблюдаются явные признаки заболевания, отбор пробы проводится непосредственно в день обращения.

Требования по подготовке к тестированию:

Проба не отбирается:

При отборе эпителиальных клеток из мочеиспускательного канала, манипуляция проводится перед мочеиспусканием или через 1,5-2 часа после него.

Сперма

Отбор материала с целью диагностики проводится до начала противобактериального, антивирусного и противопаразитарного лечения, химиотерапии, а также до лечебных или диагностических мероприятий в месте предполагаемой локализации агента инфекции. После курса лечения проба отбирается не ранее, чем через 10-14 дней при проведении локальной терапии и через 30 дней после перорального приема антибиотиков.

На анализ собирается порция первой утренней мочи, выделенной не ранее, чем через 2-3 часа после предыдущего (ночного) мочеиспускания. Ее объем должен составлять порядка 20-30 мл. Емкость, используемая для сбора биоматериала – стерильный медицинский контейнер.

Моча собирается либо до проведения химиотерапии или лечения антибиотиками, либо через месяц после окончания курса лечения.

Перед началом манипуляции необходимо тщательно обмыть гениталии. Женщинам желательно воспользоваться гигиеническим тампоном во избежание попадания в пробу слизи из влагалища. Во время менструации материал не собирается.

После наполнения контейнера на треть-половину объема, емкость с мочой плотно закрывается крышкой, дабы избежать ее вытекания.

Доставка биоматериала должна быть организована в течение максимум 6 часов. До отправки в лабораторию моча может храниться как в холодильнике (при t⁰ от +2⁰С – замораживать ее нельзя), так и в комнате, но при этом температура не должна быть выше +25⁰С.

Соскоб буккального эпителия

Исследование проводится до проведения антибактериальной терапии.

Проба отбирается до приема пищи и проведения гигиенической обработки ротовой полости.

Соскоб берется медработником с внутренней поверхности щеки (буккального эпителия) или неба с помощью ворсинчатого зонда.

Показания к исследованию

Интерпретация исследования

Данный тест – качественный, результат выдается в формулировках «обнаружено» или «не обнаружено».

Нормой является отсутствие в исследуемой пробе специфических фрагментов ДНК Enterobacter spp.

Результат анализа выдается на бланке лаборатории медицинской компании «Наука». Пример результата по данному анализу представлен ниже:

Ф.И.О.: Иванов Иван Иванович Пол: м Год рождения: 01.01.0000

Дата исследования: 12.12.0000

Источник

Семейство Enterobacteriaceae. Часть 2

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

Сегодня мы закончим разговор о микроорганизмах из семейства Enterobacteriaceae, которое, как мы помним, является одним из самых проблематичных источников внутрибольничных инфекций, потому что возбудители умеют делиться и передавать в рамках почти всего семейства свои механизмы резистентности, и это при том, что изначально почти каждый представитель имеет природную устойчивость к целым классам антибиотиков.

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

Сегодня мы закончим разговор о микроорганизмах из семейства Enterobacteriaceae, которое, как мы помним, является одним из самых проблематичных источников внутрибольничных инфекций, потому что возбудители умеют делиться и передавать в рамках почти всего семейства свои механизмы резистентности, и это при том, что изначально почти каждый представитель имеет природную устойчивость к целым классам антибиотиков.

Героями сегодняшнего разговора станут энтеробактеры, серрации, морганеллы. Конечно, есть и другие представители и, возможно, в постковид они начнут встречаться намного чаще, но пока нам в рамках Азбуки достаточно вышеперечисленных плюс кишечные палки и клебсиеллы, о которых мы говорили ранее.

Enterobacter spp.

Микробиологические аспекты

Род энтеробактера включает несколько видов, но наиболее клинически значимыми из них являются:

Очень важно помнить, что энтеробактеры проявляют природную устойчивость к большому спектру антибиотиков, таким как бета-лактамы, к которым они продуцируют хромосомные AmpC бета-лактамазы, плазмидные бета-лактамазы расширенного спектра, а также карбапенемазы. Так как клинически значимые представители Enterobacter spp. обитают в желудочно-кишечном тракте человека, то основным источником инфицирования для пациента становится медицинский персонал, который просто по факту своей ежедневной работы в больнице с антибиотиками является резервуаром всевозможных антибиотикорезистентностей.

Клинически значимые аспекты

Enterobacter spp. является причиной:

Инфекций мочевыводящих путей: катетер— или инструментально-ассоциированных (как результат эндоскопических манипуляций контаминированным инструментарием).

Внутрибольничных пневмоний, в том числе вентилятор-ассоциированных.

Инфекций кожи и мягких тканей, таких как раневые инфекции, инфицирование пролежней, ожоговые инфекции и послеоперационные инфекции. Кроме того в случае полимикробного характера инфицирования пролежней возможно развитие сепсиса как исхода раневой инфекции.

Инфекций кровотока — катетер— и инструмент-ассоциированные.

Инфекций центральной нервной системы — менингиты, чаще всего внутрибольничные, как следствие нейрохирургических вмешательств.

Неонатальных инфекций, таких как некротический энтероколит, сепсис и менингит.

Чем лечить?

Ответ будет традиционным — лучше вообще не инфицировать, тогда не придется ломать голову, чем все это лечить. В основе терапии лежит обязательное микробиологическое исследование с определением антибиотикочувствительности.

В случае выявления представителей Enterobacter spp. при лечении тяжелых инфекций предпочтение следует отдавать комбинированной терапии, и самыми подходящими будут пиперациллин-тазобактам в комбинации с аминогликозидами или фторхинолонами. А для преодоления резистентности, вызванной бета-лактамазами расширенного спектра, можно использовать карбопенемы.

Для лечения инфекций мочевыводящих путей самым первым и наиважнейшим является удаление мочевого катетера до момента прекращения пиурии. Далее лечим либо исходя из профиля антибиотикограммы, либо ципрофлоксацином в правильно подобранной дозе, либо, как было указано выше, рассматриваем назначение нитрофуранов и фосфомицина.

Serratia spp.

Серрации по своей сути являются родными сестрами клебсиелл, но в отличие от последних только S.marcescens вызывает клинически значимые заболевания у людей, а остальные виды — S.liquefaciens и S.rubidaea — делают это значительно реже, и в обычной, доковидной жизни, ими можно было пренебречь.

Клинические аспекты

Что вызывает?

Катетер-ассоциированные инфекции и как их исход — сепсис.

Инфекции мочевыводящих путей как следствие медицинских манипуляций необработанным инструментом.

Раневые инфекции в послеоперационном периоде.

Нозокомиальные пневмонии как следствие интубации.

Конъюнктивиты и кератиты.

И редко вызывали остеомиелиты и эндокардиты

Терапевтические аспекты

В первую очередь про серрацию надо узнать, а значит, необходимо микробиологическое исследование. Во-вторую, вспомнить о природной устойчивости. В-третью, держать в уме то, что очень часто цефалоспорины третьего и четвертого поколения тоже не будут работать, так как посредством плазмид получают устойчивость от родственников по семейству Enterobacteriaceae, например, от родной сестры — клебсиеллы. Точно таким же образом серрация может оказаться устойчивой и к карбопенемам. К фторхинолонам резистентность так же уже давно описана.

Так чем лечить?

Лучше вообще не заражать — потому что если бак. лаборатория дает серрацию, то ниоткуда кроме как с наших рук она появиться не может, так как ни ходить, ни летать сия зверюшка до сих пор не научилась.

В случае развития тяжелых инфекций — сепсиса, вентилятор-ассоциированной пневмонии и т. п., и только при документированной чувствительности, препаратами выбора могут быть цефепим или меропенем, или ципрофлоксацин в вену в стандартных дозировках. Если чувствительность утеряна, то зовем клинического фармаколога, а если такового нет, то смотрим в сторону амикацина, пиперациллина-тазобактама и азтреонама, только помним об их побочных эффектах. Курс лечения соблюдать жизненно необходимо, чтобы зверюшка еще куда-нибудь не мутировала и новыми механизмами защиты не обзавелась. Обычно речь идет о 10–14 днях (но так как польза превышает вред, то нефротоксичность аминогликозидов со временем отступит, а ототоксичность — тут уж как повезет).

Инфекции мочеполового тракта лечим так же с учетом чувствительности, и если таковая располагает, то препаратом выбора становятся фторхинолоны, либо комбинация двух антибиотиков, например фторхинолон с карбапенемом или бета-лактам с аминогликозидом.

Эндокардиты с остеомиелитами бывают хоть и редко, но крайне метко, а потому снова сначала исследуем чувствительность, потом индивидуально в каждом случае подбираем антибиотики (а лучше зовем клинического фармаколога, пусть он мучается). И снова крайне важно соблюдение сроков лечения, для эндокардита это порядка четырех, а то и шести недель внутривенной антибактериальной терапии, а для остеомиелита не менее двух недель. Почему нельзя меньше? Потому что последует мутация и новый рецидив, а антибиотиков просто может не хватить, ибо, как и сестра-клебсиелла, серрация тоже умеет в панрезистентность.

В заключении хочется повторить, что и в этом случае проще помыть руки, чем разгребать последствия инфицирования серрацией. Мытье рук и проще, и дешевле, и, что самое главное, спокойнее.

Morganella spp.

Морганеллы будут последними представителями семейства Enterobacteriaceae, которых мы обсуждаем в рамках нашей Азбуки. Если кому-то станет интересно покопаться дальше, то к их услугам всегда будет четырехтомник по медицинской микробиологии под редакцией Лабинской, конкретно второй и третий том, в которых все очень подробно расписано, правда, чтение это для неподготовленного человека будет довольно сложным. Но вернемся к нашей морганелле.

Микробиологические аспекты

Морганелла существует только одна — M.morganii, но имеет два подвида — M.morganii и M.sibonii, которые отличаются только по ферментации треалозы, и никакого клинического значения данное отличие не имеет.

Конечно, и морганелла умеет в природную устойчивость к антибиотикам, а именно к пенициллинам, цефалоспоринам первого и второго поколения, макролидам и ко-тримоксазолу. При этом сохраняет высочайшую чувствительность к аминогликозидам, пиперациллину, цефалоспоринам третьего и четвертого поколения, фторхинолонам и карбопенемам. То есть данную зверюшку есть чем победить.

Клинические аспекты

Морганелла является представителем нормальной микрофлоры человека и самостоятельно крайне редко что-то вызывает. Этим крайне редким являются инфекции мочевыводящих путей, чему способствуют крайне пожилой возраст, длительная госпитализация, мочевой катетер и иммунодефицит любой этиологии.

В плане приобретенной антибиотикорезистентности морганелла обзавелась факторами устойчивости к фторхинолонам, что и понятно, учитывая какие именно заболевания она вызывает и чем их чаще всего лечат.

Что еще может вызывать?

Крайне редко — сепсис, как исход инфекции мочевыводящих путей.

Раневую хирургическую инфекцию.

Неонатальный сепсис и хореоамнионит.

Но стоит иметь в виду, что данные ситуации крайне редки, и стоит изначально подумать не об этом возбудителе, а о том, какой за ним может прятаться в виду контаминации материала, и лучше бы все еще раз пересеять и перепроверить.

Терапевтические аспекты

Если результат микробиологического исследования сомнений не вызывает и вы убеждены, что имеете дело с морганеллами, то препаратами выбора становятся карбопенемы, и только в случае их недоступности и документированной бактериологом чувствительности, можно посмотреть в сторону цефалоспоринов, например, цефтазидима (для которого нужна отдельная цефалоспориназа, чтобы он был инактивирован), а лучше цефтазидим-авибактама. Хотя если недоступны карбопенемы, то и Завицефте, скорее всего, взяться будет неоткуда.

Какие препараты могут быть использованы в качестве резервных? Решать этот вопрос также необходимо только после получения результата микробиологии и чувствительности в идеале по МПК, и только после этого рассматривать назначение цефепима или ципрофлоксацина, или аминогликозидов (они, к слову, в случае морганеллы могут обоснованно выступать в качестве монотерапии инфекций мочевыводящих путей).

На этом автор заканчивает обзор семейства Enterobacteriaceae и в сотый раз призывает: «Коллеги, мойте руки! Это намного проще, дешевле и быстрее, чем лечить то, что с немытых рук может упасть в пациента».

Источник

Семейство Enterobacteriaceae. Часть 1

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

В ближайших статьях мы постараемся осветить все оставшееся семейство, как, во-первых, одно из самых проблемных в плане развития резистентности к антимикробным препаратам, а во-вторых — как возбудителей, наиболее часто являющихся причиной внутрибольничных инфекций.

Автор: врач – клинический фармаколог Трубачева Е.С.

Morganella spp. и Proteus spp.

Особо выдающихся представителей семейства Enterobacteriaceae мы уже разбирали в отдельных статьях, а именно представительницу рода Esherichia — кишечную палочку E.coli, а также одну из представительниц клебсиелл — Klebsiella pneumonia. В ближайших статьях мы постараемся осветить все оставшееся семейство, как, во-первых, одно из самых проблемных в плане развития резистентности к антимикробным препаратам, а во-вторых — как возбудителей, наиболее часто являющихся причиной внутрибольничных инфекций.

Микробиологические аспекты

Основными клинически значимыми представителями родов семейства Enterobacteriaceae, вызывающими заболевания у человека, являются:

Естественно совсем уж экзотику мы рассматривать не станем, но по наиболее часто встречающимся представителям обязательно пробежимся.

Клинические аспекты

Почему данное семейство так актуально? Наверное, потому, что почти ни одна нозология не обходится без его представителей. В самом широком смысле семейство Enterobacteriaceae является причиной следующих заболеваний:

Как мы видим, наши знакомые отметились практически везде. Но надо обязательно помнить, что выявление вышеуказанных представителей у здоровых людей из респираторного тракта, урогенитального и уж тем более желудочно-кишечного ни в коем случае не говорит о том, что человек чем-то болен, так как в большинстве своем эти микробы являются представителями нормальной микрофлоры, а не все люди умеют мыть руки, особенно летом.

Когда можно думать о наличии бактериальной патологии? Во-первых, когда имеется четкая клиника, во-вторых, когда микробы выделены из стерильных в норме сред, таких как кровь и ликвор, брюшная или плевральная полость, точнее, экссудат оттуда и, в-третьих, когда микроорганизмы выделены в клинически значимых концентрациях (тут в помощь будет ваша бак. лаборатория).

Стоит отметить еще один немаловажный момент — не все представители семейства Enterobacteriaceae умеют жить вне организма человека, и поэтому не размножаются во внешней среде, а потому обнаружение оных на пищевых продуктах и всевозможных поверхностях в лечебных учреждениях говорит о фекальном загрязнении, проще говоря, о неумении обрабатывать руки после посещения туалетной комнаты. Одним из таких микробов-детекторов является кишечная палочка, и стоит ее поймать даже не на руках персонала, а, например, на компьютерной мышке, как дальше можно уже ничего не искать, а начинать очередной этап избиения младенцев, пардон, обучения правилам асептики и антисептики, в частности, обработки рук.

Но давайте перейдем к частностям — и первым микроорганизмом, который будем сегодня рассматривать, станет:

Morganella spp.

Зверюшка названа так в честь своего первооткрывателя Гарри Р. Моргана.

Начнем традиционно с микробиологических аспектов

Семейство морганелл включает единственный вид M. morganii, включающий два подвида M. morganii и M. sibonii, которые различаются только ферментацией трегалозы.

Морганеллы являются представителями нормальной микрофлоры как человека, так и животных, а потому могут присутствовать в качестве сапрофитов в окружающей (внебольничной!) среде.

Морганеллы имеют довольно сложные отношения с антибактериальными препаратами и обладают природной резистентностью к:

Проявляют высокую чувствительность к:

Клинические аспекты

Как говорилось выше, морганеллы являются частью нормальной микрофлоры человека, крайне редко вызывая инфекционные заболевания. Чаще всего они являются возбудителями осложненных инфекций мочевыводящих путей.

Факторами риска развития инфекции являются:

В качестве механизмов резистентности морганеллы способны продуцировать бета-лактамазы, чем и объясняется их природная устойчивость к пенициллинам и цефалоспоринам 1-2 поколений. При нерациональном использовании антибиотиков они начинают вырабатывать бета-лактамазы расширенного спектра и факторы устойчивости к фторхинолонам, которыми довольно бодро делятся с соседями по семейству Enterobacteriaceae. Отдельно стоит отметить способность отдельных штаммов морганелл к резистентности к имипенему.

Какие заболевания вызывают чаще всего:

Терапевтические аспекты

Антибактериальная терапия будет полностью зависеть от результата из микробиологической лаборатории. Повторимся еще раз, микроб изначально умеет вырабатывать бета-лактамазы, а потому в случае развития осложненных инфекции мочевыводящих путей, которые чаще всего уже не связанны с кишечной палочкой, препаратами выбора становятся карбопенемы (имипенем, если штамм к нему чувствителен, или меропенем), дозирование которых проводится с учетом клиренса креатинина. Длительность лечения должна быть не менее 7 дней. В качестве альтернативы можно использовать цефалоспорин 4-го поколения Цефипим каждые 8 часов или фторхинолоны.

Аминогликозиды, несмотря на чувствительность к оным, при лечении заболеваний мочевыводящих путей лучше не применять в виду их нефро- и отоксичности, и по этой же причине их невозможно будет использовать около трех месяцев после проведенной терапии, например, в лечении синегнойной инфекции. Цефалоспорины третьего поколения тоже применять не стоит, так как морганеллы довольно быстро обзаводятся бета-лактамазами расширенного спектра, которые, как мы помним, эту генерацию препаратов быстро инактивируют.

Proteus spp.

Микробиологические аспекты

Протей долгое время был практически родным отцом морганеллы, так как последняя рассматривалась как один из видов рода протей. Этот род примечателен тем, что занимает почетное второе место по выявляемости после кишечной палочки в семействе Enterobacteriaceae.

В данный момент представителями рода протей являются P. mirabilis, вызывающий порядка 90% инфекционных заболеваний, а также P. vulgaris и P. penneri.

Клинические аспекты

Протеи выступают возбудителями порядка 10% неосложненных инфекций мочевыводящих путей, с чем могут быть связаны неудачи в лечении последних с использованием аминопенициллинов.

Как и все клинически значимые возбудители семейства Enterobacteriaceae, протей является возбудителем нозокомиальных инфекций, таких как пневмония, вплоть до сепсиса. Кроме того выступает возбудителем интраабдоминальных, а также хирургических инфекций кожи и мягких тканей, сепсиса, связанного с медицинскими вмешательствами как последствий нозокомиальной пневмонии в результате недостаточной дезинфекции, например, бронхоскопов.

Таким образом, мы видим, что, как и в предыдущем случае, проще правильно помыть руки и обработать инструменты, чем лечить это все с учетом природной и приобретенной резистентности.

Терапевтические аспекты

Как и в случае с морганеллой, нам просто необходим результат микробиологического исследования с определением чувствительности по МПК возбудителя либо результаты микробиологического мониторинга, которые помогут предположить зверей в случае неудачи ранее проводимого лечения.

В случае ампициллин-чувствительного P.mirabilis именно ампициллин может выступать препаратом первой линии. Кроме того, возможно использование цефуроксима и фторхинолонов. Обязательным аспектом лечения является его длительность. В случае неосложненных инфекций мочевыводящих путей (цистита) — не менее 3 дней, пиелонефрита — 10–14 дней, осложненных инфекций — 10–21 день. Сепсис является состоянием, требующим индивидуального подхода, но лечим не менее 14 дней.

На этом на сегодня мы закончим, но повторим одну базовую и, чего уж, наиважнейшую истину: в лечении инфекций, связанных с любым представителем семейства Enterobacteriaceae, самым главным будет являться профилактика. А именно правильное и тщательное мытье рук. Обеспечим мытье рук, не будет большинства проблем с инфекциями, вызванными указанным семейством.

Источник

Что нужно знать о бактериальном вагинозе

Многие женщины сталкиваются с симптомами влагалищного дисбиоза. Обильные выделения, молочно-серого цвета и с неприятным запахом часто путают с «молочницей» и проводят «соответствующее» самолечение.

В большинстве случаев, такая стратегия быстрее навредит, чем поможет, поскольку причиной может быть бактериальный вагиноз (БВ).

Что такое баквагиноз

Согласно официальному определению, это невоспалительное заболевание влагалища, характеризующееся резким снижением или полным отсутствием лактофлоры и её заменой на анаэробные бактерии, среди которых наиболее распространены Gardnerella vaginalis (гарднерелла) и Atopobium vaginae (атопобиум).

У здоровых женщин репродуктивного возраста влагалищный микробиом на 95% представлен лактобактериями. Их способность к кислотообразованию (молочная кислота) и продукции перекиси водорода способствует поддержанию кислого pH и подавлению роста остальных микроорганизмов.

Оставшиеся 5% микрофлоры занимают более 300 видов аэробных и анаэробных микроорганизмов, среди которых:

Факторы риска и симптомы

Колонизация влагалища микрофлорой, связанной с баквагинозом, особенно Gardnerella vaginalis и Atopobium vaginae, сопровождается:

Отека и покраснения обычно не наблюдается, что является отличительным признаком от банального вагинита и кандидоза влагалища («молочницы»).

Диагностика

Самым простым, но косвенным, признаком нарушения влагалищной микрофлоры служит повышение pH >4,5. Для проведения такого «анализа» требуются всего лишь тест-полоски для измерения рН, доступные к покупке в любой аптеке. Однако, чтобы выявить возбудителя и начать адекватную терапию такой диагностики, конечно, недостаточно.

Современным и высокоточным методом диагностики влагалищных дисбиозов служит комплексное исследование «Флороценоз».

Этот тест разработан научными специалистами совместно с практикующими клиницистами. И предназначен для определения состава и соотношения нормальной и условно-патогенной флоры влагалища методом ПЦР.

Исследование представлено в 3-х вариантах для различных клинических ситуаций:

Название теста «говорит само за себя», а в результате будет отражено количество:

2. В случае, когда есть подозрения на нарушения более «широкого спектра», к применению рекомендован «Флороценоз», включающий подсчет:

3. При необходимости в дополнительной диагностике ИППП – подходит «Флороценоз – комплексное исследование», включающий в себя подсчет «классического состава» бактерий + выявление ДНК «виновников» ИППП:

Готовность анализов составляет 4-5 дней, а результат можно получить по электронной почте, в личном кабинете на сайте или в любом удобном отделении KDL.

Источник